微生物指標中，菌落總數、大腸菌群和霉菌超標是造成月餅變質的罪魁禍首，除部分大腸菌群的細菌為兼性厭氧菌，需要缺氧的生存條件，其他均需要有氧及溫暖濕潤的繁殖環境。因此導致微生物指標超標主要來自以下原因：（1）生產場所、設備和人員的衛生條件沒有達標；（2）月餅烘焙中心溫度不夠，殺菌不*；（3）與月餅接觸的包裝材料殺菌不*；（4）包裝材料的氧氣和水蒸氣的滲透性較大；（5）包裝存在泄漏的地方，氧氣和水汽趁虛而入。

　　通過上述分析，可知引發微生物超標的細菌均具有喜溫嗜濕的特性，據文獻資料顯示，霉變月餅較正常月餅平均水分含量高出9.9%-14.9%，這意味著月餅的水分含量越高，越容易發生霉變，18%-19%為月餅霉變的水分含量臨界值。由于新制作的月餅水分含量在20%-25%，降低其水分含量將成為月餅儲藏階段的重要任務。而通常的儲藏方法控溫容易控濕難，因此主要依靠有效的包裝材料和包裝形式降低月餅自身的含水量、阻隔外界的液態水和水蒸氣。